كرد . « خديو توفيق » در اواخر حكومت « اسماعيل پاشا » نسبت به مرحوم سيّد با نظر تقدير و احترام مىنگريست و سيّد در مجالس فراماسونى با وى برخوردهايى داشت و با يكديگر گفتگوهايى در ميان داشتند . مرحوم سيّد براى دوران بعد از « اسماعيل پاشا » به « توفيق » اميدوار بود ، ولى پس از آن‌كه « توفيق » به مقام خديوى مىرسيد ، مردم سخن‌چين و فرصت‌طلب ، كار خود را كردند و « توفيق » تحت تأثير آنها قرار گرفته و روش ديگرى را در پيش گرفت و هيأت جوانان افراطى شده و اين جمعيت از لحاظ عقايد دينى و دنيوى ، هر دو ، فاسدند ، بايد تبعيد شود ! در نتيجه داستان « سقراط » براى ما مصرىها تجديد شد ، و در تاريخ 6 رمضان سال 1926 ه . سيّد جمال‌الدين و خادم امينش « ابوتراب » « فيلسوف امّى » ! تبعيد شدند ، و همان روز كه مصادف با 24 اوت 1871 بود ، هر دو را در كشتى بخارى كه به طرف « بمبئى » مىرفت جاى دادند و كشتى راه افتاد . اين مرحله آخرين دوران اقامت استاد در مصر است امّا بدون شك آخرين حد نفوذ مبادى اصول و افكارش نيست !